Adapun badan otonom terbagi menjadi dua, yakni berdasarkan usia dan keprofesian atau kekhususan lainnya.
Badan otonom berdasarkan usia adalah sebagai berikut.
- Muslimat Nahdlatul Ulama
- Fatayat Nahdlatul Ulama
- Gerakan Pemuda (GP) Ansor Nahdlatul Ulama (NU)
- Ikatan Pelajar Nahdlatul Ulama (IPNU)
- Ikatan Pelajar Putri Nahdlatul Ulama (IPPNU)
- Pergerakan Mahasiswa Islam Indonesia (PMII)
Sementara itu, badan otonom yang basis keanggotaannya berdasarkan keprofesian dan kekhususan lainnya adalah sebagai berikut.
- Jam’iyyah Ahlit Thariqah Al-Mu’tabarah An-Nahdliyah (Jatman)
- Jam’iyyattul Qurra wal Huffazh Nahdlatul Ulama (JQHNU)
- Ikatan Sarjana Nahdlatul Ulama (ISNU)
- Serikat Buruh Muslimin Indonesia (Sarbumusi)
- Pencak Silat Pagar Nusa
- Persatuan Guru Nahdlatul Ulama (Pergunu)
- Serikat Nelayan Nahdlatul Ulama
- Ikatan Seni Hadrah Indonesia Nahdlatul Ulama (Ishari NU)